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Takara真香推薦—簡便好用的液態(tài)活檢解決方案之游離DNA篇

更新時間:2020-10-12 點擊次數(shù):1238
 
 
在腫瘤早期篩查研究領(lǐng)域,循環(huán)腫瘤DNA(ctDNA)一直是各大廠商、科研工作者關(guān)注的重點。雖然ctDNA的應(yīng)用日趨成熟,但總有一些微量的ctDNA樣本無法用傳統(tǒng)技術(shù)完成高品質(zhì)文庫的構(gòu)建,特別是在進行腫瘤早期診斷有重要價值的稀有突變分析時。
如何以微量ctDNA起始構(gòu)建可準(zhǔn)確分析稀有突變的文庫?Takara的解決方案是引入分子標(biāo)簽技術(shù)!
 
微量ctDNA樣本無法準(zhǔn)確分析稀有變異? 自帶1600萬分子標(biāo)簽的建庫技術(shù)了解一下
ThruPLEX Tag-Seq Kit是Takara推出的采用莖環(huán)形接頭,含1600萬種分子標(biāo)簽的DNA-Seq文庫構(gòu)建技術(shù),足以準(zhǔn)確區(qū)分是測序錯誤還是真實的稀有突變!
 
同時,該產(chǎn)品支持1-50 ng cfDNA起始,微量樣本的文庫構(gòu)建不再是難題!
ThruPLEX單管操作、手動15 min、總共兩小時,過程中無需轉(zhuǎn)管與純化,實驗小白也能輕松上手!
 
 
實驗案例
 
分別以10 ng及30 ng的cfDNA標(biāo)準(zhǔn)樣品(Horizon Diagnostics)起始,使用ThruPLEX Tag-seq kit制備文庫,然后使用Agilent SureSelect靶向序列富集系統(tǒng)定制Panel(110 KB),或Roche的NimbleGen SeqCap EZ定制Panel(240 KB)進行富集,使用illumina的NGS平臺進行測序。得到的數(shù)據(jù)使用Curio(Curio Genomics)分析。
使用Agilent (30 ng DNA input)或Roche(10 ng DNA input)兩者中的任意一個靶向富集系統(tǒng)時,可以得到與已知的MAF(Minor Allele Frequency)同等的結(jié)果。
(數(shù)據(jù)來源于Takara Bio USA, Inc.)
 
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實驗友好型的ctDNA稀有突變分析方案
可能有些剛開展ctDNA稀有變異分析項目的朋友會有所擔(dān)心,即便能簡便快捷地構(gòu)建NGS文庫,但后期如果沒有易用的生信分析流程,一樣會成為項目研發(fā)的阻礙。
No Worries!以下三款生信分析工具,搭配ThruPLEX Tag-Seq使用,效果更佳!

ConnorGitHub平臺上一款開放型的生信工具,可以處理ThruPLEX Tag-Seq文庫的測序數(shù)據(jù)。Connor可以aligned BAM文件作為輸入量,分析分子標(biāo)簽信息,并生成含對應(yīng)序列的BAM文件,后續(xù)可結(jié)合突變分析軟件進行分析,如FreeBayes等。
CurioCurio Genomics公司所推出的基于“云”的生信平臺,ThruPLEX Tag-Seq文庫的測序數(shù)據(jù)可以上傳、處理及可視化。該平臺運行速度快,用戶界面友好,具有強大的Alignment Viewer。同時,Curio整合了變異檢測、分析及可視化的模塊,方便用戶使用。
Strand NGS由Strand Life Sciences推出的原生支持ThruPLEX Tag-Seq數(shù)據(jù)分析的生信平臺,提供NGS數(shù)據(jù)的分析、管理及可視化。

 

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